שכר הלימוד נקבע על ידי המועצה להשכלה גבוהה, הוא אחיד בכל הארץ וגבוה יותר משכר לימוד של תואר ראשון. בשנת הלמודים תשפ"ג השכר השנתי הינו כ-15 אלף ש"ח.
הסטודנט חייב להסדיר את תשלומי שכר הלימוד לאוניברסיטה במלואם ובמועדם ורק לאחר הסדרת התשלום  יתקבל כרטיס סטודנט.

1. סטודנט ששילם מקדמה והחליט לא ללמוד במכינה, חייב להודיע על כך למזכירות המכינה בכתב, במייל לגב' נעמה שושן: naamabs@savion.huji.ac.il.

2. סטודנט המבקש להפסיק לימודיו לפני סיומם, חייב להודיע על כך בכתב למזכירות לענייני תלמידים במכינה ולפרט את הסיבות שגרמו להפסקת לימודיו.

3. הנהלת המכינה רשאית להפסיק לימודי הסטודנט עקב היעדרות לא מוצדקת או התקדמות בלתי מניחה את הדעת בלימודים.

4. סטודנט המפסיק את לימודיו או שלימודיו הופסקו חייב להחזיר את כרטיס הסטודנט, למסור אישור מהספרייה שאינו חייב ספרים וכן אישור שעזב את המעונות.

5. סטודנט שזכאי למלגה והפסיק את לימודיו או שלימודיו הופסקו, מלגתו תופסק והוא יחויב ביתרת שכר לימוד בהתאם למועד הביטול.

6. סטודנט שיפסיק לימודיו במכינה או שלימודיו יופסקו, יחויב בחלקיות שכר לימוד על פי לוח הפסקת לימודים. להלן הקישור לתקנון ביטול לימודים לתלמידי מכינה: https://studentsadmin.huji.ac.il/withdrawal/4